本部置部長一人、政務次長二人、常務次長一人、主任秘書、參事，下設有綜合規劃司、適應運動司、競技運動司、產業及科技司、國際事務司、設施規劃司等業務單位，以及秘書處、人事處、主計處、政風處、資訊處、法規會。
